建所初期,亚热带所与日本国际合作交流比较频繁和深入。规模较大并有影响的国际合作项目有:中日合作水稻栽培研究工作、与日本东丽公司ABA合作试验、中日合作(在桃源站)SPAC观测系统标定检测研究等。90年代后,与美、加、欧等发达国家开展国际合作广泛,并富有成效。如与德国马普学会在动物营养方面的合作交流、与英国皇家协会开展土壤养分与计算机模拟研究、与英国洛桑实验站的长期合作交流、与加拿大圭尔夫大学、德国欧洲分子生物学实验室、美国德克萨斯州 A & M 大学的国际合作、人员培训和研究生培养等。与东南亚地区的泰国、菲律宾等国家合作项目较多。如与泰国Naresuan 大学合作交流、与菲律宾国际水稻所的合作交流和研究生培养等。

        近5年来,亚热带所接待来自美、英、德、澳、加、俄、日、新西兰、菲律宾、印度等20多个国家的专家、学者共52批138人次,主办国际学术会议5个。派出55批61人次分别参加学术会议、合作研究、出国留学和专业考察等。2008年亚热带所被批准加盟“第三世界科学院-联合国教科文组织(TWAS-UNESCO)准会员计划”优秀研究中心成员。

        

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