中国科学院亚热带农业生态研究所(The Institute of Subtropical Agriculture, The Chinese Academy of Sciences.)的前身是中国科学院桃源农业现代化研究所,成立于1978年6月19日,所址选在湖南省桃源县城关镇渔父路,第一任所长为著名土壤学家李庆逵院士。1979年从湖南省桃源县迁至湖南省会长沙,并更名为中国科学院长沙农业现代化研究所,所部位于湖南省长沙市芙蓉区远大二路。2002年5月,研究所整体进入中国科学院知识创新工程试点序列,其学科方向调整为亚热带复合农业生态系统生态学,2003年10月更名为中国科学院亚热带农业生态研究所。