研究所拥有生态学一级学科博士点，畜牧学一级学科硕士点，环境工程二级学科工程硕士点。每年自主招收博士研究生20 名左右，硕士研究生25 名左右。
生态学学科简介（培养博士、硕士研究生）
亚热带生态所生态学学科将区域农业与生态环境重大科学问题与学科国际前沿有机结合，研究并建立喀斯特退化生态系统修复、亚热带集约型畜牧健康养殖和农业生态系统过程调控与资源高效利用等关键技术体系，巩固亚热带农业格局与系统过程、畜牧健康养殖与农牧复合系统学科领域，加强作物耐逆境分子生态学机理及品种选育学科领域；构建以“土壤- 作物- 动物”完整生态链为基础，涵盖区域农业生态系统格局、过程和分子生态学3个基本尺度的区域农业生态学学科体系。
1.区域生态与景观生态研究方向。培养博士、硕士研究生。该研究方向主要研究亚热带区域农业发展格局与生态系统功能，提出农业结构调整与生态建设对策，构建结构优化、功能稳定的亚热带三大类型区（喀斯特低山、红壤丘陵及平原湖区）复合农业可持续发展模式。具体研究内容包括：1）生态系统过程与适应性调控；2）生态系统服务评估与权衡；3）植被变化及其生态环境效应；4）区域人地系统耦合与可持续发展
招生导师：王克林研究员、陈洪松研究员、徐宪立研究员、李德军研究员、曾馥平研究员、岳跃民研究员、张伟研究员。
2.土壤与环境生态研究方向。培养博士、硕士研究生。该研究方向主要从事农田生态系统物质循环与土壤肥力调控、土壤碳氮循环与全球变化响应、土壤分子生态、土壤环境修复等方面的研究。具体研究内容包括：1）农田生态系统物质循环与土壤肥力调控；2）土壤碳氮循环与全球变化响应；3）土壤微生物种群与功能( 分子生态)；4）土壤环境修复。
招生导师：吴金水研究员、黄道友研究员、李裕元研究员、朱奇宏研究员、沈健林研究员、刘锋研究员。
3.微生物分子生态研究方向。培养博士研究生。该研究方向运用分子生物学技术等揭示生态过程演变机理，包括土壤养分循环过程微生物驱动机制；陆地生态系统温室气体产生与排放的微生物作用机理与调控；土壤微生物对环境变化的响应与演替机制；植物生长与土壤微生物的相互关系以及微生物资源的开发利用。本学科与国内外同行建立了广泛的联系，并聘请了国际知名学者（新西兰科学院院士）作为客座研究员。
招生导师：魏文学研究员。
4.湿地生态研究方向。培养博士、硕士研究生。该研究方向以洞庭湖湿地演变、湿地系统结构功能与过程、生态系统服务功能为研究重点，在个体、种群、群落及系统层次上开展研究，旨在阐明洞庭湖湿地生态系统演变规律及关键生态过程、洞庭湖重要生态服务功能的形成机理以及人为活动对系统的干扰过程及其生态学效应，最终为优化洞庭湖湿地生态系统服务功能，形成“人水和谐”生态环境提供依据。同时研究农业生产格局变化对生物群落的影响、农业生物灾害预警与控制机理及策略。
招生导师：谢永宏研究员、李峰研究员。
5.作物逆境分子生物学与分子育种方向。培养博士、硕士研究生。该研究方向主要针对我国亚热带区域主要逆境因子（如重金属污染、低温、高温、淹涝、干旱、草害、虫害、病害等）对水稻、玉米等农作物的影响和危害，利用现代分子生物学技术，围绕作物功能基因组和优异种质改良展开研究工作，克隆植物耐逆、高产、优质新基因，探讨作物耐逆境的分子机理，应用生物技术与常规育种技术相结合培育耐多种逆境因子的作物新种质和新品种，为亚热带区域主要粮食作物稳产、高产、优质提供技术支撑、优异新种质和新品种。主要研究内容：1）水稻和玉米耐逆境（如重金属污染、低温、淹涝）的分子机理研究；2）超级杂交稻杂种优势的分子机理和分子育种研究；3）优异种质资源的基因定位、克隆和相关调控元件研究；4）通过生物技术与常规育种技术相结合创制耐逆、高产、优质的作物新种质，培育耐逆、高产、优质的作物新品种。
招生导师：肖国樱研究员、陈彩艳研究员、毛东海研究员。
6.动物生态营养与环境研究方向。培养博士研究生。该研究方向主要研究畜牧生态系统环境效应与产品安全。以生态学原理为指导，以现代畜牧生态系统为研究对象，突破传统营养学研究方法与框架，应用现代分子生物学、生物化学、生理学和生态学的研究方法与手段，在细胞和分子水平开展集约化畜牧业生产体系中动物生态营养调控技术以及对环境的影响研究。具体研究内容：①功能性饲料研发及其对畜禽生长的调控机理；②资源节约与环境友好型功能性饲料添加剂研发；③功能性饲料技术标准和信息平台集成；④畜禽养殖污染控制技术研究及工程治理；⑤畜禽养殖环境风险预警机制；⑥畜禽养殖业污染环境评价及控制技术。该研究方向的主要任务是依托动物营养周转规律与生态调控技术等创新研究领域所取得的研究成果，通过学科交叉与融合，逐步创立开展农业养殖动物营养生理代谢基础和养殖环境安全控制技术研究的支撑平台，并在相应的技术领域形成优势明显、特色突出的创新研究和产业群体。
招生导师：印遇龙研究员、谭支良研究员、姚康研究员。